মুক্তিযুদ্ধ জাদুঘর প্রতিষ্ঠিত হয় ২২ মার্চ, ১৯৯৬। প্রতিষ্ঠাকালীন এটির অবস্থান ছিল ঢাকার সেগুনবাগিচায়। সরকার ২০০৮ সালে পশ্চিম আগারগাঁওয়ের শেরে বাংলা নগরে জাদুঘরটি স্থানান্তরের জন্য ২.৫ বিঘা জমি মুক্তিযুদ্ধ জাদুঘর ট্রাস্টি বোর্ডের কাছে হস্তান্তর করে। ১৬ এপ্রিল, ২০১৭ আনুষ্ঠানিকভাবে দ্বার উন্মোচন করা হয় আগারগাঁওয়ে অবস্থিত মুক্তিযুদ্ধ জাদুঘরের নিজস্ব ভবনের।